La investigación por la muerte de Daniel recayó primeramente sobre la Unidad Fiscal 5 de Leila Aguilar. Tras tres años de dilación y reclamos desoídos, la familia de Daniel y la AMB, recusaron a la primera fiscal que intervino en la causa, Leila Aguilar, por considerarse que con su accionar favoreció la impunidad policial. La causa pasó a manos de los fiscales Marcelo Martini y Javier Berlingieri y se elevó a juicio con 5 funcionarios involucrados por las torturas seguidas de muerte, sin avanzar un solo paso en la investigación, sin disponer una sola medida de prueba de las ofrecidas, ni agregar aquellas pruebas ordenadas por su antecesora.
“Sabemos que no están todos los policías que participaron y encubrieron el asesinato”, sostiene Marita Migone, hermana de Daniel. “Dijeron que había robado unos pasacassetes y que se suicidó, y sin embargo no tenia motivo ni para una cosa ni para la otra, ya que mi hermano era un trabajador, vivía con sus padres y sus dos hijos menores, y manejaba sumas importantes de dinero por su trabajo… “. Rosa Bru, presidenta de la AMB agrega: “es fundamental que se agote la investigación porque hay muchas pruebas que indican que Daniel fue secuestrado, cada vez son mas los elementos que indican que fueron falsos los motivos para justificar su presencia en la comisaría y que se armó una escena para encubrir el hecho. Hasta ahora solo se investigó las torturas y muerte, la familia, padres, hermanas e hijos merecen la verdad”.
El hecho de que esta causa haya sido elevada a juicio cuando aun quedaba mucho por investigar impedirá a los familiares conocer lo verdad, al tiempo que servirá para que a los funcionarios implicados se les asigne responsabilidades menores y con ello condenas morigeradas. La elevación a juicio de esta causa dejaría fuera de la investigación entre otros, a quienes desarmaron la escena del crimen y montaron la idea del suicidio.
La familia de Migone y la AMB sostienen que Daniel fue secuestrado en la comisaría. Su ingreso no estaba registrado en los libros de la dependencia, y ninguna autoridad se enteró de su detención hasta casi una hora después de que había fallecido. Testigos que se encontraban la noche del 10 de noviembre en la comisaría declararon y afirmaron que Daniel comentó durante su detención, que lo estaban “empapelando” porque tenía una relación con una mujer que también salía con un policía.